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SUJET : Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc.

Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 13:29 #26690

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I. INTRODUCTION

La taxonomie est la science de la classification du monde vivant. Cette classification est, aujourd'hui phylogénétique. C'est à dire, basée sur l'évolution et les parentés entre espèces.

L'espèce est l'unité de base, mais elle peut se subdiviser en diverses catégories : sous-espèces, écotypes, populations, communautés, groupe, forme. Le mot "race" apparaît encore dans quelques articles comme synonyme de "sous-espèce", mais le terme, connoté négativement et rappelant de très mauvais souvenirs quand il fut appliqué à l'espèce humaine, est tombé en désuétude. Personnellement, je ne l'emploie jamais, même pour ceux que nous nommons les "animaux".

Les espèces peuvent, dans un mouvement inverse, se regrouper en familles, puis, comme avec des poupées russes, on regroupe les familles en ordres, les ordres en classes etc. L'empilement n'a pas de limites et différentes sous-catégories existent : super-familles, sous-ordres, super-ordres. Au bout d'un moment c'est le chaos, et un terme générique existe pour désigner un regroupement : la clade. Une clade regroupe des clades de catégorie inférieure. La famille est une clade, l'ordre est une clade etc. D'où le terme de cladistique parfois utilisé pour désigner la classification phylogénétique.

Chaque clade, ou groupe, ou taxon décrit et reconnu doit être "phylogénétique" et regrouper un ensemble d'espèces issues d'un ancêtre commun exclusif.
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 14:34 #26692

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Merci, Olivier. Un fil que je vais suivre avec attention (et plaisir).
Il est vrai que la majeure partie de la taxinomie qui m'a été enseignée en prépa est obsolète. Et que la génétique, avec la "démocratisation" des recherches d'ADN, et la prise en compte de l'embryogenèse ont conduit à des bouleversements inimaginables naguère. Dire à un gamin il y a 20 ans que les dinosaures étaient encore présents en nombre parmi nous m'aurait sans doute tout droit conduit à l'asile...
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Un safari vous tente ? Les conseils de notre site de safari-photo. peuvent vous être utiles… :guepard:

Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 15:32 #26694

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C'est bien là où je voulais en venir Bernard :frogstar:

II. UNE SCIENCE EN PERPÉTUELLE ÉVOLUTION

L'approche phylogénétique et les avancées de la génétique ont beaucoup changé les choses en matière de classification et de dénomination des groupes et espèces ces dernières décennies. Des termes comme "poissons", "reptiles", "invertébrés", ne désignent plus des groupes zoologiques cohérents. Par exemple, nous savons maintenant que l'ancêtre commun des "reptiles" est aussi celui des oiseaux, et que ces derniers sont des dinosaures contemporains issus en droite ligne de la famille des Tyrannosaures (théropodes). En toute rigueur, si l'on veut toujours utiliser le mot "reptile", il faut considérer que les oiseaux sont aussi des reptiles. Pour désigner les dinosaures au sens ancien du terme, on lit souvent maintenant dans la littérature de vulgarisation scientifique le terme "dinosaure non-avien". C'est à dire, "dinosaure qui n'est pas un oiseau".

Du "split" des espèces

Depuis des années, il y a un mouvement de "split" des espèces. La génétique pousse dans un certain nombre de cas à décrire plusieurs espèces différentes là où on n'en connaissait qu'une. Les différences moléculaires (ADN) argumentant en faveur de plusieurs espèces différentes pouvant ne pas avoir d'impact sur l'aspect physique et l'apparence de l'espèce (le phénotype) que nous pouvons observer. On pourrait alors parler d'"espèces phénotypiques", celles que nous identifions dans la nature avec guides d'identification et critères observables, et d''espèces génotypiques" décrites par la recherche sur base d'études des ADN.

Le sujet revient régulièrement dans les revues de vulgarisation scientifique mais aussi dans une revue d'ornithologie de terrain comme Ornithos. En effet, chez certaines espèces, comme le Pouillot véloce, plusieurs sous-espèces sont reconnues. Et ça peut être assez compliqué de savoir à qui on a affaire, surtout en période de migration comme maintenant, où on peut rencontrer des oiseaux de passage et parfois des surprises, comme le Pouillot de Sibérie. Ce dernier semble avoir un cri typique et un plumage plutôt grisâtre, mais sans connaître et avoir entendu le cri, on ne peut être sûr de rien... Il est bien possible, comme l'écrit Ornithos, que dans l'avenir le Pouillot véloce soit séparé en plusieurs espèces.

L'affaire est assez coriace, je pense, parce que, dans la nature, tous les dégradés existent au niveau infra-spécifique (sous-groupes d'une même espèce) et au niveau des espèces proches qui peuvent encore s'hybrider et avoir des descendants fertiles. C'est là que c'est le plus confus, quand le processus de spéciation (émergence de nouvelles espèces) est en cours ou quand il est récent (du point de vue du temps de l'évolution).
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 16:02 #26696

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III. LE BUT DE CE FIL

Pourquoi ce fil ?

Hé bien, le sujet est passionnant, et je pense que chez Wilipi, on s'intéresse aussi à ce qu'il y a "sous le capot" de nos bestioles favorites frog:)

L'idée de ce fil m'est venue après lecture il y a peu de cas très concrets :

  • Le split récent proposé des girafes en quatre espèces différentes, cf. le fil Wilipi : Super "split des girafes" !
  • L'existence probable de plusieurs espèces différentes d'Orques en aire antarctique expliquée dans un article de la revue Espèces n°21

Je propose que nous discutions dans ce post de l'évolution de la connaissance des espèces en terme de splits, fusions (ça arrive aussi), changements de noms.

Pour "vraiment" commencer ce post, je vais prendre le cas des orques antarctiques :warm: dans le post suivant.
Le sujet est ouvert et vous pouvez amener les cas d'espèces dont vous avez pris connaissance.

Consignes :

  • Un sujet par post : tel espèce, tel groupe, tel famille etc.
  • Titrer le post
  • Citer ses sources : article, documentaire, livre etc.

[/b]

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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 16:57 #26700

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Je trouve l'idée extra et extrêmement interressante. Vais suivre tout ca avec interêt moi...
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 18:43 #26702

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IV. CAS D'ESPÈCES

1. "NOUVELLES" ESPÈCES D'ORQUES EN DEVENIR EN AIRE ANTARCTIQUE

Sources

  1. SYLVESTRE Jean-Pierre, "Orques d'Antarctique : existe-t-il différentes espèces dans l'océan austral ?", Espèces n°21, sept.-nov. 2016, p. 18
  2. SHIRIHAI Hadoram & JARRETT Brett, Guide des mammifères marins du monde, Delachaux et Niestlé, 2007
  3. FISCHESSER Bernard & DUPUIS-TATE Marie-France, Le guide illustré de l'écologie, La Martinière, 2007, p. 337
L'Orque est un cétacé odontocète membre de la famille des Delphinidae, famille des dauphins.

À l'heure actuelle, il existe dans le monde une seule espèce d'orques reconnue par la science, Orcinus orca. Mais il n'est absolument pas certain que cela dure longtemps comme ça.

Ainsi, en 2007, on pouvait lire dans le guide Delachaux (cf. dans les sources) : "il est possible que les recherches en cours prouvent l'existence de plusieurs espèces d'Orques. Mais à ce jour toutes les formes et populations sont considérées comme une seule espèce, assez variable."

Le guide décrit trois "formes" ou "écotypes" d'Orques de l'Antarctique et trois autres du Pacifique Nord-Est. Six en tout. Les différences sont dans la physionomie (aileron, pigmentation, taille...), le dialecte (peut être incompréhensible entre formes différentes), l'ADN, le comportement, le type de proies recherchées, la zone géographique fréquentée (zones de chasse par exemple : chasseur côtier, pêcheur du large).

NB : écotype = "Population locale d'une espèce qui se caractérise par l’acquisition génétique de modifications sélectionnées par des conditions écologiques particulières" (Guide illustré de l'écologie).

Le guide Delachaux précise que "les trois écotypes antarctiques présentent plus de différences morphologiques et biologiques", elles "pourraient être des espèces biologiques".

L'article de la revue Espèces, en kiosque à l'heure où j'écris ces lignes, parle, lui, de quatre écotypes antarctiques, appelés poétiquement A, B, C et D. Le dernier écotype, le D, n'ayant été décri qu'en 2011.

En résumé dans cet article nous apprenons que :

  • Dès les 1ères expéditions en Antarctique (1901, 1910, 1911), des orques "énigmatiques" ont été observés et ont commencé à poser des problèmes de taxonomie ;
  • Dans les années 1980, des chercheurs soviétiques proposent deux "nouvelles" espèces antarctiques à partir de l'étude d'orques issus de la pêche baleinière (campagnes entre 1961 et 1979), mais leurs résultats ne sont pas retenus par manque de spécimens holotypes (spécimens conservés servant de référence pour décrire une espèce) ;
  • Début des années 2000 les études génétiques laissent apparaître l'existence de 3 types morphologiques distincts en Antarctique, ne semblant pas s'hybrider ;
  • Un mécanisme d'isolement génétique est visiblement en train de s'installer chez les orques de l'Antarctique ;
  • 2011, description de l'écotype D qui "va complètement changer la donne". La génétique montre que cet écotype semble diverger depuis 390 000 ans, "un des plus anciens du genre Orcinus", élément plaidant pour sa classification au moins en sous-espèce.
Vous êtes prévenu.e.s, chez les Orques, ça bouge :jumpfrog:
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 21:31 #26713

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Très intéressant Olivier j'ai une ou deux idées d'espèces à présenter, et c'est en Europe que cela se passe...

Bon pour les Orques, il faut illustrer maintenant avec les 6 écotypes...
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 12 Sep 2016 23:56 #26714

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Illustrer, c'est à dire ?

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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 13 Sep 2016 06:40 #26723

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Avoir des photos des 6 :frogmrgreen

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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 13 Sep 2016 08:44 #26726

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Bravo et merci pour cette initiative très intéressante, Olivier :prost:
Amitiés.
Paul

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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 13 Sep 2016 16:05 #26732

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Vincent écrit: Avoir des photos des 6 :frogmrgreen


Hé bien, il va falloir capturer quelques Wilipiens du grand Nord pour les relâcher dans le grand Sud :warm:

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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 18 Sep 2016 13:08 #26827

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il va falloir capturer quelques Wilipiens du grand Nord pour les relâcher dans le grand Sud :warm:

VOLONTAIRE !!!!!
Dites-moi quand faire ma valise :wolf:
Et il faudrait que Pierre vienne pour les photos sous-marines.

En attendant, voila le premier écotypes (je vous laisse l'identifier :frogmrgreen ) photographié en Colombie Britannique :



pour faciliter l'identification, je vous met d'autres vues :




Pièces jointes :
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Taxonomie : la grande valse des espèces, sous-espèces etc. 18 Sep 2016 18:57 #26831

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Merci Olivier pour cette contribution de terrain :clap:

Petit résumé sur les trois écotypes du Pacifique Nord-Est, selon le guide Delachaux & Niestlé :

  • Écotype 1, "type résident" : pêcheurs côtiers, groupe de taille moyenne
  • Écotype 2, "type migrateur" : chasseurs de mammifères
  • Écotype 3 "type hauturier", s'observent au large, grands groupes
Les dessins du guide me font penser que l'Orque d'Oliver est une Orque des formes "Pacifique du Nord-est", écotype 1 "résident". La forme de l'aileron indique une femelle.

Petit identification à titre purement indicatif !!!

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